扁鹊善于运用四诊，尤其是脉诊和望诊来诊断疾病。《史记·扁鹊仓公列传》中记述了与他有关的两个医案：一个是用脉诊的方法诊断赵子简的病，一个是用望诊的方法诊断齐桓侯的病。
有一次，他到了晋国（今山西、河北、河南一带），正碰到了晋国卿相赵简子由于“专国事”，用脑过度，突然昏倒，已五天不省人事了。大夫（官名）们十分害怕，急忙召扁鹊诊治。扁鹊按了脉，从房里出来。有人尾随着探问病情，显得很焦急。扁鹊沉静地对他说：“病人的脉搏照常跳动，你不必大惊小怪！不出三日，他就会康复的。”果然过了两天半，赵简子就醒过来了。准确地用切脉诊病是扁鹊的首创。著名历史学家司马迁高度赞扬说：“至今天下言脉者，由扁鹊也。”近代历史学家范文澜也说：扁鹊“是切脉治病的创始人”。
又有一次，他路过齐国都城临淄的时候，见到了齐国的国君齐桓侯。他看齐桓侯的气色不好，就断定他已经生病了，便直言不讳地对他说：“你有病在肤表，如不快治，就会加重。”桓侯听了不以为然，说：我没病。”扁鹊见他不听劝告就走了。这时，桓侯对左右的人说：“凡是医生都是贪图名利的。他们没有本事，就把没有病的人当有病的来治，以显示本领，窍取功利。”过了五天，扁鹊又来见齐桓侯，作了一番观察之后，对齐桓侯说：“你的病到了血脉，不治会加重的。”桓侯听了很不高兴，根本没有把扁鹊的话放在心上。再过五天，扁鹊又来见齐桓侯，经过细致的观察，严肃地对他说：“你的病进入肠胃之间，再不治，就没救了！”齐桓侯听了很生气，当然也没有理睬扁鹊的话。等到扁鹊第四次来见桓侯，他只瞥了一眼，就慌忙跑开了。齐桓侯发觉扁鹊不理睬自己，就派人询问。扁鹊说：“病在肤表，用汤熨可以治好；病进入血脉，用针灸可以治好；病到了肠胃，用酒剂也能治愈。如今齐桓侯的病已经深入骨髓，再也没法治了，我只好躲开。”又过了五天，齐桓侯果然病重，派人请扁鹊来治，扁鹊早已逃离齐国，而齐桓侯因误了治病时机，不久也就死了。早在两千四百多年前，扁鹊就能从齐桓侯的气色中，看出病之所在和病情的发展，这是很不简单的。所以，汉代著名的医学家张仲景赞赏不绝地说：“余每览越人入虢之诊，望齐侯之色，未尝不慨然叹其才秀也。”
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