古代宗庙制度按照“祖有功而宗有德”准则来拟定庙号，通常开国皇帝庙号为祖，如汉高祖、唐高祖、宋太祖，但随着时间的推移，庙号开始泛滥，明朝有两个祖，太祖和成祖，清朝有三个祖，太祖、世祖和圣祖。庙号起源于商朝，是指对国家有大功、值得子孙永久立庙祭祀的先祖所特别追加的封号，周朝废除庙号，直到汉朝才得到恢复。汉朝对追封庙号极为慎重，西汉十二帝中只有四位拥有庙号，分别为太祖高皇帝刘邦、太宗孝文皇帝刘恒、世宗孝武皇帝刘彻、中宗孝宣皇帝刘询。东汉十四帝中仅有三位拥有庙号，分别为世祖刘秀、显宗刘庄、肃宗刘炟，其它皇帝的庙号遭后世之君撤除，由此可见汉代对追封庙号之事的慎重。
从三国时期开始，庙号开始泛滥。曹丕称帝后，追封父亲曹操为武皇帝，庙号太祖。司马炎建立西晋后，追封爷爷司马懿为高祖，自己死后庙号为世祖。隋朝建立以后，大一统王朝的庙号大体上遵循开国定基为祖，守成有德为宗的原则，如隋文帝杨坚，庙号高祖，唐高祖李渊，宋太祖赵匡胤等。从元朝开始，历代王朝都有两个以上的祖，元朝有太祖铁木真和世祖忽必烈，明朝有太祖朱元璋和成祖朱棣。原本朱棣的庙号是太宗，明世宗朱厚熜为了能让自己生父“兴献王”的牌位请入太庙正殿所供奉的九座牌位之中，便把明仁宗朱高炽的牌位请到偏殿，改朱棣庙号升级为成祖，与太祖并列，作为弥补将明仁宗牌位请到偏殿的补偿。
清朝有三个祖，太祖努尔哈赤、世祖福临和圣祖玄烨，努尔哈赤创建后金，太祖实至名归。福临入主中原，定国开基，白白捡了个世祖的庙号。最尴尬的是清太宗皇太极，改元称帝，革故鼎新，堪称开国皇帝。就因为命短了那么一丢丢，没有实现入主中原的宏图伟业，被追封为太宗。清圣祖玄烨，这实际上是雍正皇帝特意抬高其“皇阿玛”的历史地位而特意追封的，虽说康熙帝平定三藩，收复台湾，剿灭噶尔败，击败沙俄，签订《尼布楚条约》，奠定了“康乾盛世”的基础，但这些功绩多属内乱，仅仅凭借一个台湾是不足以称“祖”的，不然的话，收复新疆的乾隆帝是不是更应该追封一个“祖”呢？
圣祖庙号始创于唐朝，是唐玄宗李隆基专为老子李耳所设，指的是家族中有圣德的祖先。雍正为了让圣祖的庙号贴合实际，把康熙吹嘘成千古一帝。清朝是历史上极为特殊的一个朝代，真正开国定基之人往往没得到实惠，比如开国皇帝皇太极，连个“祖”都没捞到。入主中原，平定天下的多尔衮，一开始被追封为“清成宗”，一个月后被撤消，最终连尸骨都荡然无存。反倒是6岁登基的顺治帝依靠老妈孝庄和叔叔多尔衮的“通力合作”，顺顺当当获封世祖庙号，这跟哪儿说理去？总而言之，庙号和谥号这种赞美祖先的封号，越到后来就越是泛滥，天子一言九鼎，平头百姓无法反驳也不会反驳，不管清朝是三祖还是四祖，公道自在人心，历史总会做出客观而翔实的最终评判。
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清朝三祖指的是清太祖努尔哈赤，清世祖顺治皇帝，清圣祖康熙皇帝。一般一个朝代，只有一个“祖”，那就是太祖。比如宋太祖、明太祖，但是明清两代，都有些特殊，明朝出了一个明成祖朱棣，清朝更是除了太祖之外，又多了一个世祖和圣祖。那么清朝出现三“祖”的原因在哪里？
清太祖努尔哈赤“祖有功宗有德，开创是功，守成是德”。意思是太祖有开创国家的功绩才能称为太祖，太宗是守成之主，一般是第二任皇帝。比如宋太宗是宋太祖的弟弟，清太宗皇太极是努尔哈赤的儿子。清太祖努尔哈赤，父亲、祖父都被明朝官军杀死，努尔哈赤逃得性命，用13副铠甲起兵，可谓十分寒酸。但在此后的三四十年中，努尔哈赤创立八旗，统一女真各部，建立后金政权，奠定了清朝的基业。所以白手起家的努尔哈赤，清太祖的称号是实至名归的。
清世祖顺治皇帝顺治皇帝福临，本来他是不可能当上皇帝的，他登基的时候才只有6岁。顺治之所以能登基，其实是清朝统治集团内部妥协的结果。豪哥和多尔衮互相不服气，作为缓冲的产物，福临便被推上了皇帝的宝座。但是架不住顺治帝的运气好呀，崇祯末年，农民起义的烽烟滚滚，当李自成杀进北京，霸占了吴三桂的爱妾陈圆圆后，吴三桂“冲冠一怒为红颜”，打开山海关，把清兵引了进来。
随后李自成被赶出北京城，多尔衮便把顺治从关外接进北京城。而且也是在顺治时期，大清完成了形式上的统一。顺治皇帝便相当于统一了天下，虽然是他老子皇太极给他奠定了基础。进关之后，又是多尔衮、多铎等其他大臣打下了江山，但谁让福临是皇帝呢，最大的功劳肯定是他的。顺治就相当于把一个地方政权，变成了统一全国的政权，开辟了王朝的全新时期，像当初的光武帝刘秀一样，被称为世祖了。
清圣祖康熙皇帝康熙皇帝是大家比较熟悉的一位皇帝，他8岁登基，在位61年。虽然他在位期间，名曰守成，其实和开创差不多。除掉权臣鳌拜、平定三藩、灭葛尔丹、收回台湾、击败沙俄侵略。此外治理黄河，减免赋税，为后来的“康乾盛世”垫下基础。康熙的文治武功，都是无可挑剔。所以本来清世祖之后，康熙应该谥号为“宗”的。但就是康熙不仅有德，还有功，所以就称为祖。后来在雍正的坚持下，康熙被谥为清圣祖。
综上所述，清朝之所以出现三个“祖”。简洁地来说，是因为他们每个人，都相当在前人的基础上，把国家又给“开创”了一遍。“宗”已经不足以形容他们的功绩，所以称祖。至于明成祖朱棣，死后的谥号是明太宗。只是后来的嘉靖皇帝，是藩王世子继承的皇位，他想要给自己的王爷老爹追赠皇帝封号。
但是这样就凭空多了一位皇帝，而太庙正殿里只能供奉9位皇帝，剩下的只能供奉到偏殿去。因为移动牌位，是根据血缘关系远近来的，开国皇帝朱元璋的牌位肯定不能动，那接下来就是朱棣了。但嘉靖不想动朱棣的牌位，于是给朱棣升了一下，由明太宗变成了明成祖，这样就不用移出去了。最后，嘉靖把朱棣的儿子明仁宗给请了出去，因为仁宗只当了不到一年的皇帝，功德不大，血缘最远。嘉靖皇帝通过这样的操作，终于把自己老弟塞进太庙享受香火。不过“靖难之役”也相当于把明朝又“开创”了一遍，这样改也算是有根据。